en
en
Источник
Chromosome Research
Дата публикации
26.02.2023
Авторы
Полина Белокопытова Вениамин Фишман Artem Nurislamov Maria Gridina Pavel Salnikov Anna Khabarova Galina Koksharova Roman Mungalov Inna Pristyazhnuk
Поделиться

A Cre-LoxP-based approach for combinatorial chromosome rearrangements in human HAP1 cells

Cell line models, Chromosome rearrangement, Cre/LoxP system, Genome editing

Аннотация

Alterations of human karyotype caused by chromosomal rearrangements are often associated with considerable phenotypic effects. Studying molecular mechanisms underlying these effects requires an efficient and scalable experimental model. Here, we propose a Cre-LoxP-based approach for the generation of combinatorial diversity of chromosomal rearrangements. We demonstrate that using the developed system, both intra- and inter-chromosomal rearrangements can be induced in the human haploid HAP1 cells, although the latter is significantly less effective. The obtained genetically modified HAP1 cell line can be used to dissect genomic effects associated with intra-chromosomal structural variations.

Читать в источнике

Похожие публикации

Epigenetics & Chromatin
Expanding the list of sequence-agnostic enzymes for chromatin conformation capture assays with S1 nuclease
Maria Gridina, Andrey Popov, Artem Shadskiy, Nikita Torgunakov, Andrey Kechin, Evgeny Khrapov, Ryzhkova Oxana, Maxim Filipenko, Вениамин Фишман
Читать источник
Bioinformatics
PROSTATA: a framework for protein stability assessment using transformers
Дмитрий Умеренков, Федор Николаев, Татьяна Шашкова, Павел Страшнов, Николай Швецов, Никита Иванисенко, Ольга Кардымон
Читать источник
AI in Genomics and Epigenomics
AI in Genomics and Epigenomics
Вениамин Фишман, Мария Синдеева, Николай Чеканов, Татьяна Шашкова, Никита Иванисенко, Ольга Кардымон
Читать источник
PROBLEMS OF VIROLOGY
Mathematical model for assessing the level of cross-immunity between strains of influenza virus subtype H3N2
Марина Асатрян, Timofeev B.I., Shmyr I.S., Khachatryan K.R., Дмитрий Щербинин, Timofeeva T.A., Gerasimuk E.R., Agasaryan V.G., Ershov I.F., Татьяна Шашкова, Ольга Кардымон, Никита Иванисенко, Semenenko T.A., Naroditsky B.S., Logunov D.Y., Gintsburg A.L.
Читать источник
International Journal of Molecular Sciences
Function and Evolution of the Loop Extrusion Machinery in Animals
Evelyn Kabirova, Artem Nurislamov, Artem Shadskiy, Alexander Smirnov, Andrey Popov, Pavel Salnikov, Nariman Battulinand, Вениамин Фишман
Читать источник
Heliyon
Comparison and critical assessment of single-cell Hi-C protocols
Maria Gridina, A. Taskina, Timofey Lagunov, Artem Nurislamov, T. Kulikova, Alla Krasikova, Вениамин Фишман
Читать источник
International Journal of Molecular Sciences
Single-Cell DNA Methylation Analysis of Chicken Lampbrush Chromosomes
Artem Nurislamov, Timofey Lagunov, Maria Gridina, Alla Krasikova, Вениамин Фишман
Читать источник
Связаться
Присоединяйтесь к AIRI в соцсетях
Вы можете задать нам вопрос или предложить совместный проект в области ИИ

Сообщение отправлено.

Спасибо!

Что-то пошло не так. Попробуйте снова