Дата публикации
24.04.2025
Поделиться

ML/DL Researcher для дизайна белков

Обязанности

О группе:

Мы — мультидисциплинарная команда исследователей, работающая на стыке биоинформатики, структурной биологии и искусственного интеллекта. Основной фокус нашей группы — вычислительный дизайн белков, включая создание новых биомолекул с заданными свойствами для применения в медицине, биотехнологии и фундаментальной науке. Мы используем новейшие подходы из области машинного обучения, в том числе генеративные модели, предсказание структуры.

 

Обязанности:

  • Разработка и применение ML/DL-алгоритмов для задач de novo дизайна белков, оптимизации стабильности, специфичности и функций белковых молекул 
  • Использование и/или доработка современных архитектур (AlphaFold, RoseTTAFold, ProteinMPNN, Diffusion-based models и др.) 
  • Интеграция структурных, функциональных данных  и данных о последовательностей белков для обучения многоуровневых моделей 
  • Валидация in silico результатов в сотрудничестве с экспериментальными лабораториями 
  • Подготовка научных публикаций, заявок на гранты, выступления на международных конференциях 
Eye

Требования

  • Уверенные знания в области алгоритмов ML/DL (в частности, генеративные модели, графовые нейросети, трансформеры) 
  • Опыт работы с белковыми структурами и последовательностями, знание форматов (PDB, mmCIF), библиотек (Biopython, PyRosetta, MDAnalysis и др.) 
  • Владение Python, знание PyTorch или TensorFlow 
  • Умение разрабатывать воспроизводимые пайплайны анализа и работы с HPC 
  • Опыт публикаций в ведущих научных журналах 

Желательно:

  • Опыт работы с диффузионными моделями для генерации белков 
  • Знание методов оценки белковых структур и свободной энергии (Rosetta, FoldX, MD-симуляции) 
  • Работа с крупными наборами белковых данных (UniProt, AlphaFold DB, PDB, ProteinNet и др.) 
  • Участие в проектах в области directed evolution, синтетической биологии или терапии на основе белков 

 

Brain

Отправить резюме

Спасибо!

Что-то пошло не так. Попробуйте снова

Присоединяйтесь к AIRI в соцсетях