Дата публикации
24.04.2025
Поделиться
ML/DL Researcher для дизайна белков
Обязанности
О группе:
Мы — мультидисциплинарная команда исследователей, работающая на стыке биоинформатики, структурной биологии и искусственного интеллекта. Основной фокус нашей группы — вычислительный дизайн белков, включая создание новых биомолекул с заданными свойствами для применения в медицине, биотехнологии и фундаментальной науке. Мы используем новейшие подходы из области машинного обучения, в том числе генеративные модели, предсказание структуры.
Обязанности:
- Разработка и применение ML/DL-алгоритмов для задач de novo дизайна белков, оптимизации стабильности, специфичности и функций белковых молекул
- Использование и/или доработка современных архитектур (AlphaFold, RoseTTAFold, ProteinMPNN, Diffusion-based models и др.)
- Интеграция структурных, функциональных данных и данных о последовательностей белков для обучения многоуровневых моделей
- Валидация in silico результатов в сотрудничестве с экспериментальными лабораториями
- Подготовка научных публикаций, заявок на гранты, выступления на международных конференциях
Требования
- Уверенные знания в области алгоритмов ML/DL (в частности, генеративные модели, графовые нейросети, трансформеры)
- Опыт работы с белковыми структурами и последовательностями, знание форматов (PDB, mmCIF), библиотек (Biopython, PyRosetta, MDAnalysis и др.)
- Владение Python, знание PyTorch или TensorFlow
- Умение разрабатывать воспроизводимые пайплайны анализа и работы с HPC
- Опыт публикаций в ведущих научных журналах
Желательно:
- Опыт работы с диффузионными моделями для генерации белков
- Знание методов оценки белковых структур и свободной энергии (Rosetta, FoldX, MD-симуляции)
- Работа с крупными наборами белковых данных (UniProt, AlphaFold DB, PDB, ProteinNet и др.)
- Участие в проектах в области directed evolution, синтетической биологии или терапии на основе белков
Отправить резюме
people@airi.net
Если у вас остались вопросы о трудоустройстве, напишите команде HR
на почту